100年度，教育部委託財團法人高等教育評鑑中心基金會針對我國大學校院辦理校務評鑑，以改善並確保教育品質為出發點，期待藉由各校自我評鑑及實地訪評，確認是否每一項功能運作有助於達成學校之設立宗旨與目標，協助學校自我定位、發現優劣勢並強化發展特色，促進自我改進。本次校務評鑑之評鑑目的包括：
一、檢視競爭態勢：促使大學從世界大學競局中，解析自我的強弱機先，從少子化及產業的趨勢，定位自我的教學研究內涵。
二、落實校務發展計畫：要求大學確實擬定校務發展計畫，適時自評更新，並建立持續性改善之品質保證機制。
三、評定教研績效：從行政管理、教學、研究、推廣、學生學習成效，評定大學教育績效。
四、獎勵優質建立標竿校院：激勵大學明示在行政或教研上的特色及優異表現，並建立標竿校院分享其成功經驗。
五、匡正發展偏差：列示在管理或教研上有偏失大學，促使限期改善。
六、提供政策參考：綜合評鑑結果，提供高等教育發展意見，以供政策參考。
本校被安排於100年11月16日至17日期間接受實地訪評，在全體教職員生及畢業校友的共同努力下，本校於「學校自我定位」、「校務治理與經營」、「教學與學習資源」、「績效與社會責任」、「持續改善與品質保證機制」等五個評鑑項目均獲得「通過」認可，認可有效期間為101-106年。此次校務評鑑全數通過，配合97年度大學系所評鑑全數通過成績，本校已屬教育部「大學評鑑辦法」第九條的定義之「績效卓著」大學，全台僅本校與逢甲大學達到此標準，本校甚感殊榮。
高雄醫學大學100年度大學校務評鑑五項評鑑項目全部通過認可證書
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