秘書處在學校組織系統中係屬推動校務規劃重要的行政幕僚單位，其業務辦理各項校務行政工作，除強化縱向之承轉、綜攬與配合外，更重視活化橫向之聯繫、溝通與協調。設置了行政事務、法規事務、校友暨公共事務及事業發展四組，並因校務發展及階段性任務業務需求，為規劃、協調、改進與評鑑全校校務研究相關事務，設置校務研究暨企劃辦公室。

本處的願景係建構優質、高效率之校務溝通協調管道，提供高效能之行政服務。並以全方位的行政服務熱忱、積極拓展學校內外業務之精神，來提升高雄醫學大學的競爭力。